เป็นหน่วยงานหลักที่รับผิดชอบการดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้องกับทรัพย์สินทางปัญญาของกรมศุลกากร จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2552 โดยอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของส่วนสืบสวนปราบปราม 3 สำนักสืบสวนและปราบปราม กรมศุลกากร

อำนาจและหน้าที่ของศูนย์ประสานงานทรัพย์สินทางปัญญา

1. จัดทำแผนงาน โครงการ หรืองานทางวิชาการอื่นที่เกี่ยวข้องกับทรัพย์สินทางปัญญา
2. ประสานงานกับหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชนทั้งในและต่างประเทศ
3. ประชาสัมพันธ์ในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันและปราบปรามการละเมิดทรัพย์สินทางปัญญาของกรมศุลกากร
4. ดำเนินการเกี่ยวกับการฝึกอบรมและให้ความรู้เกี่ยวกับทรัพย์สินทางปัญญาร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งภาครัฐและภาคเอกชน
5. สนับสนุนและปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือตามที่ได้รับมอบหมาย